ریوس در 1999 هم سطح بالای بازی اش را حفظ کرد گرچه با مصدومیت های مکرر روبرو شد . این مساله مانع از آن شد که از امتیازاتی که در سال 1998 به دست آورده بود بتواند با موفقیت دفاع کند و در نتیجه در رنکینگ افت داشت . ریوس به دیدار پایانی مسترز مونته کارلو رسید ولی در ست دوم در مقابل گوستاوو کوئرتن به دلیل آسیب دیدگی کنار کشید . در مسترز هامبورگ در پیکاری که بیش از چهار ساعت طول کشید ماریانو زابایتای آرژانتینی را شکست داد و قهرمان شد . دو هفته بعد در سانکت پولتن اتریش برای سومین بار پیاپی قهرمان شد . در ماه اکتبر تورنمنت سنگاپور را برد و به فینال پکن راه یافت ولی به مگنوس نورمن سوئدی باخت . وی همچنین به کوارتر فاینال رولان گاروس و مسترز مادرید نیز راه یافت . با وجود مصدومیت های پر شماری که گریبانگیرش شد ریوس برای سومین سال پیاپی حضور خود در تاپ تن را استمرار بخشید و در رنک نهم جهان قرار گرفت . ولی سال 2000 آسیب دیدگی های مکرر بالاخره او را از پا انداخت و از میان بازیکنان برتر جهان خارج کرد . در تورنمنتی در کرواسی با شکست ماریانو پوئرتای آرژانتینی قهرمان شد ، به سمی فاینال مسترز هامبورگ نیز راه یافت ولی از مارات سافین شکست خورد . ریوس سال را در رده ی 37 به پایان برد . در سال 2001 تورنمنت دوحه را برد اما در تورنمنت های سپسین ضعیفتر کار کرد و به دنبال عمل جراحی بر روی مچ پایش حتی از جمع پنجاه بازیکن برتر جهان هم خارج شد . در سپتامبر با پیروزی بر راینر شوتلر آلمانی در هنگ کنگ قهرمان شد ، ریوس سال را در رده ی 39 به پایان رساند . در اوایل 2002 نتایج خوبی گرفت ولی آسیب دیدگی از ناحیه ی کمر باعث شد نتایج خوبش ادامه نیابد . بهترین عملکردش در این سال راه یابی به کوارتر فاینال اوپن استرالیا و سمی فاینال مسترز میامی و همچنین فینال تورنمنت استکهلم بود که با پارادورن سری چاپان تایلندی روبرو شد . ریوس در این فصل در جایگاه 24 رنکینگ ایستاد ولی از مصدومیت های مختلفی که از 1999 گریبان گیرش شده بود رهایی نیافت . در سال 2003 در وینیا دل مار که پیش از این تورنمنت سانتیاگو خوانده می شد برای چهارمین بار به فینال رسید ولی در برابر داوید سانچز اسپانیایی شکست خورد . در World Team Cup در کنار هم میهنانش فرناندو گونزالز و نیکولاس ماسو در دوسلدورف شیلی را به قهرمانی رساندند . در همان سال در بازیهای پان آمریکن در سینگل دوم شد و در دابل همراه آدرین گارسیا به مدال نقره دست یافت . در ماه می بازپسین بازی اش را در ATP و در راند نخست فرنچ اوپن مقابل ماریو آنچیچ کروات انجام داد و در ست دوم از بازی کنار کشید . در سال 2003 ریوس در تورنمنت های اندکی ظاهر شد و در پایان سال رنک 105 جهان را در اختیار داشت . سرانجام در شانزدهم جولای 2004 در پی انواع و اقسام مصدومیت ها در حالی که 28 سال بیشتر نداشت در کنفرانسی خبری در سانتیاگو به طور رسمی از تنیس خداحافظی کرد .
